Talleres
Análisis de secuencias de ADN para estudios evolutivos en peces
Responsable: Dr. Isaí Betancourt Resendes
Colaboradora: Dra. Rosa Gabriela Beltrán López
Descripción: Los objetivos de este taller son orientar al estudiante sobre el uso de las secuencias de ADN en estudios evolutivos, instruir al estudiante sobre el manejo de bases de datos y curado de secuencias de ADN, y mostrar las herramientas comúnmente utilizadas en análisis de secuencias de ADN en estudios evolutivos de peces. Las actividades programadas son las siguientes: manejo de base de datos de secuencias de ADN, alineamientos de secuencias, elaboración de árboles de genes y elaboración de redes de haplotipos y cálculo de índices de diversidad. El contenido temático está dividido en cuatro temas centrales: secuencias de ADN, alineamientos de secuencias de ADN, reconstrucción de la historia evolutiva “macroevolución” y reconstrucción de la historia evolutiva “microevolución”. Los materiales requeridos son equipo de cómputo y sistemas operativos (Windows, MacOs, Linux).
Aplicaciones de ImageJ para el conteo de melanocitos en peces Teleósteos: un enfoque evolutivo y adaptativo
Responsables: Biol. Lourdes Citlalli Maza Castañeda y Biol. Jesús Eduardo Ibarra Nepomuceno.
Descripción: El objetivo de este taller es capacitar a los participantes en el conteo preciso y exacto de melanocitos mediante el uso de software de acceso libre, con aplicaciones en estudios de coloración y pigmentación en organismos acuáticos.
Descripción general: este taller tiene una duración de cinco horas. La finalidad del taller es enseñar a los participantes el uso de ImageJ para el conteo de melanocitos a partir de imágenes digitales. El protocolo presentado es aplicable a diversos modelos de peces. Se trabajará con imágenes de aletas dorsales, permitiendo la comparación entre ecotipos de superficie y cueva dentro de la misma especie. El análisis colorimétrico en peces es una herramienta clave en estudios evolutivos, fisiológicos y ecológicos. La cuantificación de melanocitos permite evaluar patrones de pigmentación y su relación con procesos adaptativos en distintos ambientes. Además, este tipo de análisis tiene aplicaciones en investigaciones sobre estrés, desarrollo y plasticidad fenotípica. El taller combinará teoría y práctica, brindando a los asistentes herramientas para realizar análisis morfológicos de pigmentación en estudios evolutivos y comparativos. El material requerido es una computadora con ImageJ instalado (se recomienda descargar el programa previamente desde la página oficial: https://imagej.net/ij/).
De las interacciones tróficas a indicadores ecosistémicos, el uso de modelos Ecopath en los ecosistemas acuáticos
Responsable: Dr. Jesús Manuel López Vila
Descripción: El objetivo de este curso es que el asistente adquiera y entienda los elementos básicos de las interacciones tróficas y de la elaboración de modelos de forma teórica y práctica.
Descripción general: el curso comienza con una sesión de lluvias de ideas/preguntas y respuestas para formar una base de la cual partir con el grupo. El curso consta de la exposición teórica del tema, desarrollo de conceptos básicos y ejercicios grupales. Por otro lado, el complemento práctico se lleva a cabo con el programa Ecopath, donde se ejecuta una exploración para conocer la interfaz y se realizan ejercicios básicos. El contenido temático está dividido en cuatro temas centrales: la introducción a la modelación trófica, el modelo Ecopath, la construcción de un modelo, y los alcances y limitaciones. Los materiales requeridos son una computadora portátil con al menos Windows 7 y Ecopath instalado (se descarga de manera gratuita desde https://ecopath.org/downloads/).
Ecología trófica clásica y con análisis de isótopos estables de δ13C, y δ15N: herramientas para entender las redes tróficas en ambientes acuáticos
Responsable: Dr. Rigoberto Rosas Luis, M.C. Alexei Elías Valdez
Descripción: El objetivo de este curso es que los participantes se introduzcan al estudio de los ecosistemas y las redes tróficas con métodos clásicos de identificación de contenidos estomacales y técnicas novedosas usando isotopos estables de δ13C, y δ15N.
Descripción general: el curso se plantea con un enfoque integral para identificar las técnicas y métodos aplicados para el análisis clásico de identificación de contenidos estomacales, práctica de identificación con estructuras duras, uso de guías de identificación, procesamiento de muestras para análisis de isótopos, análisis de datos en Excel y R-studio, además de la presentación de resultados en tablas y figuras para publicaciones científicas. Los materiales requeridos son una computadora portátil, instalación de paquetería básica de Windows (Excel), además del software R y R-studio.
El arte de la divulgación científica
Responsable: Dr. Omar Valencia Méndez
Descripción: Los objetivos de este taller son que los participantes conozcan las bases de la divulgación científica, y que generen productos de divulgación científica, particularmente infografías. El contenido temático se divide en tres temas centrales: introducción a la divulgación científica, ¿de dónde obtener información para divulgar?, redes sociales y la divulgación científica. Y como bonus: ¿cómo evaluar el impacto de mis publicaciones? ¿en dónde obtener fondos o financiamiento? La actividad principal que se llevará a cabo en este taller es la creación de una infografía en Canva Profesional sobre un tema de interés, con base en todos los criterios aprendidos durante el mismo. El material requerido es una computadora.
Introducción a la morfometría geométrica y sus aplicaciones
Responsable: Dra. Sandra M. Ospina Garcés
Descripción: Los objetivos de este curso son dar instrucción teórica y práctica en los métodos para el registro de datos morfométricos, la ordenación y el análisis estadístico de la variación en la forma y el tamaño de las estructuras de interés. Además, se pretende explorar las aplicaciones de la morfometría geométrica en diferentes líneas de investigación dentro de la ecología y la evolución.
Descripción general: el curso consta de ocho horas, donde se abordará la morfometría tradicional y geométrica, y el protocolo morfométrico. También, se abordarán preguntas en morfometría, así como herramientas de medición, escalas, precisión, exactitud, conceptos de probabilidad y el modelo normal. Por otra parte, se aprenderá acerca del registro de datos, marcas (criterios y tipología), semimarcas (definición de contornos) y matrices de configuración. Por último, se mostrarán las aplicaciones de la morfología geométrica en las ramas de la ecología y evolución. Los materiales requeridos son equipo de cómputo y tener instalada la versión de R 4.0 o posteriores. Además, se deben tener conocimientos básicos de R.
Producción de alimento vivo para peces
Responsable: Dr. Marco Polo Franco Archundia, Héctor Eduardo Franco Cotero, Shirley Román Pacheco,
Jesús Alfredo Fuentes Bernal y Jimena Ramos
Descripción: El objetivo de este taller es difundir la producción de alimento vivo para peces con la finalidad de que las personas interesadas puedan implementar estos cultivos de acuerdo con sus necesidades. Las actividades que se llevarán a cabo en este taller son la fertilización y preparación de medios de cultivo, la identificación taxonómica, medición de parámetros físicos y químicos del agua, y la alimentación de peces.
Este taller se impartirá en las instalaciones del Laboratorio de Acuicultura e Hidrobiología del Centro de Investigaciones Biológicas de la UAEM https://maps.app.goo.gl/VFSEhqpVWFVM49iQ9?g_st=aw
Técnicas bioinformáticas para la evaluación supervisada y no supervisada de la estructura génica con datos de secuenciación de nueva generación en peces.
Responsable: M. en C. Marco Antonio Alan Garduño Sánchez
Descripción: Los objetivos de este curso son introducir a los participantes en el análisis de datos de secuenciación de nueva generación (NGS) para estudios de estructura genética en peces, enseñar el uso de herramientas bioinformáticas como DAPC (Discriminant Analysis of Principal Components) y ADMIXTURE para evaluar la estructura genética de manera supervisada y no supervisada, y proporcionar habilidades prácticas en el manejo de datos en formato VCF y la implementación de análisis en R.
Descripción general: el curso está diseñado para ser impartido en 6 horas, divididas en 2 sesiones de 3 horas cada una. Durante el curso, los participantes aprenderán a manipular y visualizar datos de SNPs en formato VCF, realizar análisis de estructura genética utilizando DAPC (mediante la librería adegenet en R), así como ejecutar pruebas de entremezcla poblacional con ADMIXTURE, de manera supervisada y no supervisada. El enfoque será práctico, con ejercicios guiados que permitirán a los participantes aplicar los conocimientos adquiridos en sus propios proyectos de investigación. El programa está dividido en dos actividades centrales: el análisis de estructura genética con DAPC y pruebas de entremezcla con ADMIXTURE. Los materiales requeridos son los programas R, RStudio y ADMIXTURE instalados en sus computadoras, así como las librerías vcfR, adegenet, tidyverse, cowplot, ggforce instaladas previamente de preferencia. Computadora con al menos 8 GB de RAM y 10 GB de almacenamiento disponible y sets de datos en formato VCF (se proporcionará un enlace para su descarga previa al curso). Los requisitos previos son conocimientos básicos de R (manejo de datos, instalación de paquetes, etc.) y conocimientos básicos de genética de poblaciones y estructura genética.